本所申請指導教授程序如下：
- 申請人資格：本所在學學生，不得辦理休學。（博士班建議博三以上、碩士班/碩專班二年級以上）
- 於規定時間內，提出【東吳大學研究生提報指導教授意願單】，由所辦秘書與系主任協助詢問意中人選是否同意擔任申請人論文指導教授。
- 提報指導教授的原則：系內專任教師優先，系內老師均無此學術專長者，經系主任同意後，可尋找校外教師擔任指導教授。（本系兼任老師等同校外教師。）
- 意願單可填寫三名老師，按填寫之先後順序，詢問老師意願。本系規定：一名老師最多指導8名研究生，人數超過要按順序排隊，有人畢業才能遞補。
- 待所秘回覆教師意願後，申請人請填具【東吳大學研究生指導教授暨論文題目報告單】，由指導教授親筆簽名，繳回所辦，作為憑證。
- 本所取得教師簽名函後，向註冊課務組簽報該生指導教授人選與提報學位論文題目，並請校長發聘。
- 以聘書登載日期為準，相隔180天後，才能正式提出學位考試申請。
- 博士生指導教授需具有【教授】資格，如聘請【副教授】擔任指導教授需召開系務會議專案討論。碩士/碩專生不得聘請【講師】擔任指導教授。